O Instituto é composto por três Centros: Centro de Conservação de Aves da Mata Atlântica, IUCN SSC Centro de Sobrevivência de Espécies Brasil e Centro de Apoio à Fauna Silvestre (CAFS) “Aves da Mata Atlântica” em parceria com o governo do Estado do Paraná localizada em Foz do Iguaçu.

O Parque das Aves dedica parte do tempo de sua equipe para auxiliar o Instituto Claravis na comunicação, educação ambiental, captação de recursos, contabilidade e organização de eventos.